Μπαίνει στο λιμάνι της Αλεξάνδρειας  με τον Οθωμανικό στόλο τον Μάρτιο του 1801. Αμέσως ο Αλί Αγά ζητάει να αποχωρήσει από το στράτευμα και ο νεαρός Καβαλιώτης τίθεται επικεφαλής της διοίκησης της μονάδας. Αρχές Μαΐου του ίδιου χρόνου ο Μοχάμετ Αλί, συμμετέχει στα στρατεύματα που προελαύνουν προς Κάιρο, μαζί με τους Άγγλους συμμάχους των Οθωμανών. Ο ναύαρχος του τουρκικού στόλου, του είχε ήδη απονείμει το αξίωμα του αρχιταγματάρχη.

Η αποχώρηση των Γάλλων, δεν έδωσε λύση στο πρόβλημα της αναρχίας και της σύγχυσης που επικρατούσε στην Αίγυπτο, τους τελευταίους αιώνες. Οθωμανοί, Άγγλοι και Μαμελούκοι ήταν τώρα αντιμέτωποι και τίμημα του αγώνα, η εύφορη χώρα και η πιθανή διέξοδος προς την Ερυθρά θάλασσα. Αν και επισήμως ο κυβερνήτης που διέμενε στην Ακρόπολη του Καΐρου ήταν Οθωμανός, στην πραγματικότητα η Αίγυπτος ήταν στα χέρια των Μαμελούκων. Οι τελευταίοι, ήταν απόγονοι σκλάβων που μεταφέρθηκαν στην περιοχή για στρατιωτικούς λόγους και  επαναστάτησαν εναντίον των κυρίων τους το 1250. Ανάμεσα σε αυτούς, ορισμένες εξαιρετικές μορφές, με μεταρρυθμιστική διάθεση, τόσο στην πολιτική όσο και στην στρατιωτική εξέλιξη της χώρας.

Μετά την κατάκτηση της Αιγύπτου από τους Τούρκους το 1517, χωρίσθηκαν σε ομάδες,  επέβαλαν ένα σύστημα φεουδαρχικής αριστοκρατίας, και πολεμούσαν ασταμάτητα μεταξύ τους. Εξουσίαζαν τον πληθυσμό, με όπλα την στυγνή βία και τον ολοκληρωτικό τρόμο. Μουσουλμάνοι ή εξισλαμισμένοι, ξένοι προς την Αίγυπτο, χωρίζονταν σε Τούρκους και Κιρκάσιους, με τους τελευταίους,  περισσότερο αιμοσταγείς από τους πρώτους. Με την υποχώρηση των Γαλλικών στρατευμάτων, ήταν οι άμεσα ενδιαφερόμενοι να διατηρηθεί στην χώρα, το προηγούμενο καθεστώς. Οι Τούρκοι από την άλλη, βρίσκονται κάτω από τις διαταγές του Χουσρέφ Πασά, δούλου απελευθερωμένου από την Γεωργία, που θα εμφανίζεται μόνιμα, προσπαθώντας να ανακόψει την πορεία του άνδρα από την Καβάλα.

Χαρακτήρας δυνατός και πανούργος,  θα περιφρονήσει το παρελθόν του Αιγυπτιακού λαού λόγω των προκαταλήψεων του, αφήνοντας εν αγνοία του έτσι, χώρο στον Μοχάμετ Αλί, να προσεγγίσει και να  προσεταιριστεί αργότερα την εξουσία. Οι Άγγλοι μοιρασμένοι σε τρία σώματα, σε διαφορετικά σημεία της χώρας. Πολύ γρήγορα οι τρεις αυτές  δυνάμεις, βρέθηκαν αντιμέτωποι με το  ίδιο πρόβλημα. Πώς να εκμεταλλευθεί, ο καθένας για το δικό του συμφέρον, τη λεία που είχαν οικειοποιηθεί οι Γάλλοι πριν την ήττα τους. Οι Άγγλοι, είναι υποχρεωμένοι να επιστρέψουν την Αίγυπτο στην Τουρκία, σύμφωνα με την συνθήκη της Αμιένης, βιάζονται επιπλέον να αποτρέψουν την επιστροφή των Γάλλων. Αποφασίζουν λοιπόν, πως η μοναδική λύση για τον αποκλεισμό του Βοναπάρτη, είναι να αποκτήσει η Αίγυπτος σταθερή και ισχυρή εξουσία. Δύσκολο εγχείρημα, με δεδομένη την τάση αλληλοεξόντωσης που επιδεικνύουν Τούρκοι και Μαμελούκοι. Όσο κρατούσε έν τω μεταξύ η χαοτική αυτή κατάσταση, από το 1801 μέχρι το 1805, ο Μοχάμετ Άλι εδραίωνε την δύναμη του στο στράτευμα και την διείσδυση του στον λαό.Α πειλούμενη η Υψηλή Πύλη από την δημοτικότητα του και μη θέλοντας να αυξήσει τα προβλήματα της στην περιοχή, ονομάζει τον Καβαλιώτη κυβερνήτη της Τζέντα και ζητά την μετακίνηση του. Ήταν όμως αργά.

Ο Αιγυπτιακός λαός αντέδρασε. Καταπιεσμένος χρόνια από την ανικανότητα και την αδιαφορία, την βία και την αιματοχυσία, των δύο μνηστήρων της εξουσίας, οδηγημένος από τους θρησκευτικούς του αρχηγούς, ζητά από την Υψηλή Πύλη να ορίσει διοικητή και αντιβασιλέα του τον Μοχάμετ Αλί. Ανίκανη η Πύλη να αντιδράσει, υποχρεωμένη να κρατήσει τα προσχήματα εξουσίας, τον ονομάζει το διοικητή της Αιγύπτου το 1805 με επίσημο φιρμάνι και τις σχετικές τιμές. Εδραιώνει με πολέμους και δολοπλοκίες την εξουσία του και το 1811 βρίσκεται απόλυτος άρχοντας, σκοτώνοντας στην Ακρόπολη τους αρχηγούς των Μαμελούκων. Είναι πια ελεύθερος να δράσει.

Η πορεία είναι γεμάτη μόχθο και ατελείωτη επαγρύπνηση.  Αλλά ανεξάρτητα από τις δυσκολίες, η μεταρρύθμιση αρχίζει με πρώτο τον στρατό. Καλεί ξένους ειδικούς για τεχνική υποστήριξη και εκπαίδευση και κατακτά το Σουδάν, την Αραβία, την Παλαιστίνη, τον Λίβανο και την Συρία. Ήταν απόλυτα πεπεισμένος για την αναγκαιότητα της σύγχρονης τεχνολογίας. Ενώ υποστήριξε τις θρησκείες και σεβάστηκε τις παραδόσεις τους, γύρισε την πλάτη του στην Ανατολή και έστειλε Αιγυπτίους στην Δύση, να διδαχθούν τις τέχνες και τις επιστήμες. Πέρα από την υποστήριξη του θρησκευτικού πανεπιστημίου του Αλ Αζχάρ, ιδρύθηκαν  πολυτεχνείο και σχολές για οικονομικές, κτηνιατρικές και καλλιτεχνικές σπουδές. Θετικός και πρακτικός άνθρωπος, εκτίμησε γρήγορα, ότι η έλλειψη υποδομής στις ιατρικές επιστήμες, σκότωνε περισσότερους ανθρώπους σε καιρό ειρήνης, από ότι τα όπλα στον πόλεμο. Το 1827 ιδρύθηκε το πρώτο πανεπιστήμιο ιατρικής στην Μέση Ανατολή. Επέβαλε στις γυναίκες να παρακολουθούν μαθήματα τοκετού και εμβολιασμοί περιόρισαν τους θανάτους από την ευλογιά. Η χολέρα και η βουβωνική πανώλη αναχαιτίσθηκαν.

Στην ύπαιθρο φρόντισε τα συστήματα άρδευσης και έκτισε φράγματα νερού δίνοντας στους καλλιεργητές την δυνατότητα τριών εσοδειών αντί για μίας. Με αποστραγγιστικά έργα, αύξησε την καλλιεργήσιμη γη κατά 30% και εισήγαγε στην Αίγυπτο την καλλιέργεια του βαμβακιού. Ο έλεγχος των νερών του Νείλου, σταμάτησε το αρχαίο έθιμο των δημοσίων προσευχών, που είχε με τα χρόνια εξελιχθεί σε επίσημη κρατική τελετή. Ήταν μια σπάνια έκφραση ανθρώπινης αλληλεγγύης ή φόβου, που περιόριζε την θρησκευτική αντιπαλότητα.

Κάθε χρόνο ο ιμάμης του Αλ Αζχάρ, ο Αρχιραβίνος της Αιγύπτου, ο Κόπτης, ο Έλληνας και ο Αρμένιος Πατριάρχης, οι Λατίνοι Πρεσβυτέριοι από τους Αγίους Τόπους προσευχόντουσαν μαζί για να στείλει ο Νείλος, το ευεργετικό του απόθεμα. Η πολιτική ανεξιθρησκείας του Μοχάμετ Άλι επέτρεψε να χτυπήσουν για πρώτη φορά οι καμπάνες των χριστιανικών εκκλησιών, από την εποχή που η Αίγυπτος κατακτήθηκε από τους Άραβες. Η συμπεριφορά απέναντι στις θρησκευτικές μειονότητες ήταν ίσως η πιο σημαντική από τις κοινωνικές επεμβάσεις του, που συνέβαλαν στην κοινωνική συνοχή των κατοίκων της Αιγύπτου ανοίγοντας τον δρόμο για την δημιουργία του σύγχρονου Αιγυπτιακού κράτους.

Επί ημερών Μοχάμετ Αλί, τίτλοι ευγενείας δόθηκαν σε χριστιανούς και Εβραίους. Η φωτισμένη ηγεμονία και η μεταρρυθμιστική πολιτική, έφεραν στην χώρα του Νείλου νέα στοιχεία πληθυσμού, που συνέβαλαν αφάνταστα στην αναγέννηση του κράτους. Φράγματα ανάμεσα στους πληθυσμούς δεν υπήρχαν. Ο Μοχάμετ Αλί ήταν άντρας εξαιρετικής ευφυΐας, ενώ η υπομονή δεν υπήρξε ποτέ προτέρημα του. Οι Δυτικοί διπλωμάτες περιγράφουν έναν γαλανομάτη γέρο, με γενειάδα και ζωηρή ματιά, με τρόπους ευγενικούς και συγκρατημένους, λόγο σοφό και παμπόνηρο. Ντυνόταν απλά και ποτέ δεν φορούσε κοσμήματα. Τα έξοδα του σπιτιού του ήταν λιτά, με μοναδική επίπλωση  μαξιλάρια. Έμαθε να γράφει και να διαβάζει σε ηλικία σαράντα ετών. Λένε ότι το πρώτο έντυπο που διάβασε, ήταν μία έκδοση του Τουβερέν, για την ζωή του Αλεξάνδρου.

Τα χρόνια που περνούσαν, τον έφεραν αντιμέτωπο με πολλές προσωπικές τραγωδίες. Από το τριάντα παιδιά του, έφτασαν σε ενηλικίωση, μόνο τρία κορίτσια και επτά αγόρια. Η προχωρημένη του ηλικία, σε συνδυασμό με ασθένειες που τον ταλαιπωρούσαν από τα νεότερα του χρόνια,  έφεραν την αρχή του τέλους. Τον Δεκέμβριο του 1847, προαισθανόμενος το τέλος κάλεσε τους συνεργάτες του, ζητώντας να αποχαιρετίσουν τον λαό του εκ μέρους του. Εξουθενωμένος από την δραστήρια ζωή αποσύρθηκε στα αγαπημένα του ανάκτορα της Σούμπρα. Στα εθνικά αρχεία του Καίρου εντοπίσθηκε επιστολή του στην οποία εκφράζει την νοσταλγία για την γενέθλια πόλη και την αγωνία του για το μέλλον των καθιδρυμάτων που της δώρισε.

Πέθανε στις 2 Αυγούστου του 1849...